Село засноване вихідцями з Доманинець (нині мікрорайон Ужгорода) в XIV ст. В письмових джерелах згадується під назвами «Feslewdamanua», «Feslewdamanya», Felso domonya».
У XIV-XVII ст. Оноківці були власністю Другетів. У 1427 році селянські господарства були оподатковані від 32 порт. Наприкніці XVI ст. кількість залежних (які підлягали оподаткуванню) господарств значно зменшується. В 1599 році оподаткуванню підлягало лише 5 господарств, що володіли 3 портами.
За рахунок новоприбулих переселенців на середину XVII ст. кількість мешканців села зросла. На той час у Оноківцях обліковувалось 10 домогосподарств, у тому числі 9 таких, що володіли цілим наділом і одне — желярське. Селяни-кріпаки крім ріллі обробляли панські виноградники.
В XVIII ст. в Оноківцях проживало змішане словацько-руське населення. Ще в XVII ст. у селі було зведено костьол, який зберігся до наших днів. В 1946 році значна частина словацького населення покинула село і відповідно до радянсько-чехословацької міжурядової угоди переїхала до сусідньої країни.
